ได้เริ่มเผยให้เห็นว่าการจับคู่ โครโมโซม ที่คล้ายคลึงกันมีผลกระทบทั่วโลกต่อสถาปัตยกรรมจีโนม 3 มิติและสถานะการแสดงออกของยีนมากกว่าที่คิดไว้ก่อนหน้านี้ ตัวอย่างเช่น ความแข็งแรงของการจับคู่อัลลีลแตกต่างกันในลักษณะเฉพาะตำแหน่งและลักษณะเฉพาะของเนื้อเยื่อ7และสัมพันธ์กับสถานะโครมาตินเฉพาะ ที่ 8 สิ่งนี้ชี้ให้เห็นว่าการจับคู่โซมาติกโฮโมล็อกอาจอยู่ภายใต้การควบคุมของโปรแกรมการพัฒนาหรือการส่งสัญญาณนอกเซลล์ อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์เชิงสาเหตุระหว่างการจับคู่และการถอดความของยีนยังไม่แน่นอน