การทดลอง Hi-C ใช้เพื่ออนุมานความน่าจะเป็นของการติดต่อระหว่างตำแหน่งที่แยกจากกันด้วยความยาวจีโนมที่แตกต่างกัน ความน่าจะเป็นในการติดต่อควรลดลงเมื่อระยะห่างเชิงพื้นที่ระหว่างสองตำแหน่งเพิ่มขึ้น อย่างไรก็ตาม การศึกษาเปรียบเทียบข้อมูล Hi-C และ FISH โครโมโซมร่างกาย แสดงให้เห็นว่า ในบางกรณี ระยะห่างระหว่าง loci คู่หนึ่งที่มีการอ่านค่า Hi-C ที่มากกว่านั้น มีขนาดใหญ่กว่าแบบขัดแย้งกันเมื่อเทียบกับคู่อื่นที่มีค่าความน่าจะเป็นในการติดต่อน้อยกว่า