แบคทีเรีย หรือปรสิตหลายชนิด ลำไส้ใหญ่อักเสบติดเชื้อมักเกิดขึ้นเนื่องจากการกลืนกินอาหารหรือน้ำที่ปนเปื้อน การนำสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดเชื้อเหล่านี้บุกเข้าไปใน ลำไส้ ใหญ่ ทำให้เกิดการอักเสบและส่งผลต่อการทำงานปกติ ทำให้ปวดท้องและท้องเสีย Clostridium difficileเป็นสิ่งมีชีวิตอีกชนิดหนึ่งที่สามารถทำให้เกิดลำไส้ใหญ่อักเสบร่วมกับการใช้ยาปฏิชีวนะ ค. ยุ่งยากเป็นส่วนหนึ่งของพืชปกติที่แข็งแรงในลำไส้ใหญ่ แต่อาจทำให้เกิดปัญหาได้หากมันโตมากเกินไป การใช้ยาปฏิชีวนะสามารถทำลายพืชปกติที่อ่อนแออื่นๆ ในลำไส้ใหญ่ ปล่อยให้เติบโตมากเกินไปและบุกรุกของC. difficileการรบกวนหรือความผิดปกติของสรีรวิทยาปกติของลำไส้ใหญ่อาจส่งผลให้คุณภาพชีวิตแย่ลงและปัญหาทางการแพทย์ที่สำคัญ พยาธิสภาพของลำไส้ใหญ่เป็นเรื่องปกติ