การจัดการไมโครไบโอต้า ไม่ว่าจะด้วยการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะหรือการสร้างไมโครไบโอต้าใหม่ ยังให้หลักฐานสำคัญสำหรับบทบาทของไมโครไบโอต้าในสภาวะสมดุลของภูมิคุ้มกัน วิธีการเหล่านี้ยังมีประโยชน์ในการกำหนดบทบาทของไมโครไบโอต้าในภูมิต้านทานตนเอง จุลินทรีย์ในลำไส้ ซึ่งจะกล่าวถึงในหัวข้อต่อไป หมายเหตุสำคัญประการหนึ่งคือจุลินทรีย์ในลำไส้สามารถควบคุมได้ไม่เพียงแต่ระบบภูมิคุ้มกันของลำไส้เฉพาะที่เท่านั้น