แบบจำลองโมเลกุลเชิงพื้นที่สามารถใช้ CG ได้ดียิ่งขึ้นเพื่อให้สามารถจำลองระบบทางชีววิทยาที่ใหญ่ขึ้นในช่วงเวลาที่ยาวขึ้น (วินาทีถึงนาที) เพื่อจำลองกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลาย ข้อได้เปรียบที่สำคัญของระบบที่เรียบง่ายเหล่านี้คือการเปรียบเทียบผลลัพธ์ของการจำลองโดยตรงกับการสังเกตการณ์เชิงทดลอง เช่น การวัดด้วยกล้องจุลทรรศน์หรือการถ่ายภาพเซลล์ที่มีชีวิต สำหรับการจำลองในระดับนี้ คำอธิบายของโมเลกุลจะต้องทำให้ง่ายขึ้นอย่างมากเมื่อเทียบกับแบบจำลอง MD หรือ CG บ่อยครั้ง โปรตีนถูกอธิบายเป็นอนุภาคเดียว หรือโดยชุดของอนุภาค ซึ่งแต่ละอนุภาคแสดงถึงโดเมนหรือคุณลักษณะของโปรตีน ที่แตกต่างกัน [15]. วิธีที่นักวิจัยกำหนดวัตถุและแรงและพารามิเตอร์ที่ควบคุมปฏิสัมพันธ์ของอนุภาคนั้นแตกต่างกันไปในแต่ละรุ่น การจำลองภายในระบอบการปกครองนี้บางครั้งเรียกว่าจากบนลงล่าง บนพื้นฐานความรู้และด้วยกล้องจุลทรรศน์เพื่อแยกความแตกต่างจากวิธีการจากล่างขึ้นบน โครงสร้างและด้วยกล้องจุลทรรศน์ที่ครอบคลุมโดย MD และ CG M เซลล์ Dในระดับที่สูงขึ้น เอนทิตีสามารถแสดงด้วยสิ่งที่เป็นนามธรรมมากขึ้น เพื่อให้พฤติกรรมของโมเลกุลเชิงซ้อนได้รับการจำลองโดยไม่แสดงอย่างชัดเจนถึงแต่ละโมเลกุล Cytoskeletal filaments สามารถแสดงเป็นเส้นทางคณิตศาสตร์ได้ โดยมีมอเตอร์ระดับโมเลกุลออกแรงเพื่อทำให้พวกมันเสียรูป16 , 17 วิธีการกระจายปฏิกิริยาใช้อนุภาคเพื่อจำลองออร์แกเนลล์ขนาดเล็กและสารเชิงซ้อนของโมเลกุลที่ละลายน้ำได้ซึ่งแพร่กระจายและทำปฏิกิริยาในพื้นที่ 2 มิติหรือ 3 มิติ18 , 19 , 20 เมมเบรนสามารถแสดงอย่างง่ายๆ เป็นระนาบและทรงกลม[21]หรือเป็นตาข่ายหรือแผ่นอนุภาคที่เปลี่ยนรูปได้ซึ่งมีศักยภาพที่ปรับให้ตรงกับแบบจำลองกลศาสตร์ความต่อเนื่อง[22]ขึ้นอยู่กับคำถามที่ถูกถาม ในระดับเนื้อเยื่อ แบบจำลองที่ใช้ตัวแทนสามารถสร้างแบบจำลองเซลล์ทั้งหมดเป็น ทรงกลมหรือว็อกเซล หรือคอลเล็กชันของสิ่งนั้นในพื้นที่ 2 มิติหรือ 3 มิติที่มีการ