การค้นพบดวงจันทร์บริวารของดาวพลูโต Kerberos และ Styx ในระหว่างภารกิจได้เพิ่มความกังวลว่าอาจมีเศษหรือฝุ่นรอบๆ ดาวพลูโต นักวางแผนภารกิจได้วางแผนฉุกเฉินสองแผนในกรณีที่เศษซากเพิ่มขึ้นเมื่อยานอวกาศเข้าใกล้ดาวพลูโต โดยอาจใช้เสาอากาศหันเข้าหาอนุภาคที่เข้ามาเป็นเกราะกำบัง นิวฮอไรซันส์ หรือบินเข้าใกล้ดาวพลูโตซึ่งอาจมีเศษซากน้อยกว่า เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม 2014 ผู้ควบคุมภาคพื้นดินได้ฟื้นคืนชีพยานนิวฮอไรซันส์จากการจำศีลเป็นครั้งสุดท้ายเพื่อเริ่มต้นการเผชิญหน้าอย่างแข็งขันกับดาวพลูโต ในเวลานั้น ต้องใช้เวลาสี่ชั่วโมง 25 นาทีกว่าสัญญาณจะมาถึงโลกจากยานอวกาศ