มุ่งเน้นไปที่ลักษณะทางเศรษฐกิจ พันธุศาสตร์เชิงปริมาณมุ่งเน้นไปที่ลักษณะที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจ เช่น การเจริญเติบโต ประสิทธิภาพการใช้อาหาร ความต้านทานต่อโรค และลักษณะการแปรรูป เนื่องจากเป็นผลมาจากการทำงานร่วมกันของยีนหลายตัว การวิเคราะห์ทางสถิติที่ซับซ้อนจึงมักดำเนินการเพื่ออธิบายลักษณะของลักษณะเหล่านี้ ลักษณะปลาดุก ลักษณะการผลิตปลาดุกเชิงปริมาณ ได้แก่ น้ำหนัก ความรู้ทั่วไปเกี่ยวกับปลาดุก  ความยาว และความดกของไข่ การวัดเหล่านี้เรียกว่าฟีโนไทป์ ซึ่งให้บันทึกทางกายภาพที่แท้จริงของยีนที่ควบคุมลักษณะดังกล่าว นักพันธุศาสตร์ใช้ข้อมูลนี้เพื่อคัดเลือกสัตว์ที่มีประสิทธิภาพดีที่สุดในโครงการเพาะพันธุ์ ตัวอย่างเช่น ผู้เพาะเลี้ยงปลาดุกส่วนใหญ่ทราบดีว่าเมื่อปล่อยลูกปลาหรือลูกปลาที่มีขนาดเท่ากันลงในบ่อเลี้ยง ขนาดปลาเมื่อเก็บเกี่ยวจะแตกต่างกันอย่างมาก ปลาบางตัวดูเหมือนจะไม่โตเลย ในขณะที่บางตัวจะโตเร็วมาก ปลาบางชนิดโตเร็วเพราะมีพื้นฐานทางพันธุกรรมที่ดี ในขณะที่ปลาบางชนิดเติบโตได้ดีเพราะมีสภาพแวดล้อมที่เอื้ออำนวย เช่น การเข้าถึงอาหารได้มากขึ้น ซึ่งเป็นผลจากสิ่งแวดล้อมที่ไม่เกี่ยวข้องกับพันธุกรรม